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고객사들은 제휴사들에 비용을 낸다. 사실 쇼핑몰 운영자라면 당연히 부담해야 할 비용들이다. 네이버에 키워드 광고를 하면 네이버에 해당 광고 비용을, G마켓에 입점하면 G마켓에 입점 비용을, KG이니시스를 이용하면 KG이니시스에 거래금액에 비례한 수수료를, CJ대한통운을 이용하면 CJ대한통운을 통해 보내는 물건 개수와 거리에 따른 수수료를 낸다. 활용하는 PG사나 택배사, 광고할 포털이나 입점하고 싶은 오픈마켓은 쇼핑몰 운영자들이 자율적으로 선택한다. 일부 서비스는 카페24를 통해 더 저렴하게 이용할 수 있다. 예컨대 개인사업자가 PG사를 개인적으로 컨택해 계약을 맺으면 거래금액의 3.5%가량을 수수료로 내야 한다. 반면 카페24를 통해 PG사를 선택하면 수수료율이 2.8∼3.0% 정도로 낮아진다. 중개자인 카페24가 해당 결제에 대한 신용보증은 물론 크롬이나 익스플로어 같은 사용자별 운영체제(OS)에 맞게 결제창을 최적화하는 문제 등을 대행해주기 때문이다.